在着床和早期胚胎发育过程中，母体和胎儿组织间的免疫相容和免疫排斥是一个动态平衡的过程，任何打扰因素打破了这种平衡，都可能导致生化妊娠。根据对生化妊娠病因的研究来看，以下几方面与生化妊娠的发生密切相关。
1、子宫内膜厚度与容受性：子宫内膜是胚胎种植的“土壤”，是正常受孕的关键部位，内膜厚度、形态及其容受性都影响着妊娠结局。
2、母体激素水平：母体内各种激素对排卵、受精、着床各个过程都有一定影响，但激素水平和生化妊娠的相关机制目前尚不十分清楚。E2和LH与妊娠的结局关系密切，其浓度也影响生化妊娠的发生，就目前研究结果分析，E2过高或者过低均会影响生化妊娠的发生，因此确定临界值尤为重要，此外LH也与生化妊娠有关，但母体激素作用机制尚不清楚，有待进一步的研究。
3、卵子质量：卵子质量直接影响胚胎的质量，从而与生化妊娠发生相关。
4、胚胎质量：胚胎的质量往往通过其种植能力与种植后的发育能力影响妊娠结局。
5、胚胎染色体：胚胎染色体对胚胎质量存在一定的影响，但是对与生化妊娠的关系并不大。
6、其他：有研究表明生化妊娠与患者年龄及既往生化妊娠或流产史有关，免疫因素可能也是影响生化妊娠的发生因素。还有学者提出生化妊娠可能与男性年龄和精液质量有关。
