男性不育有很多原因，先天性问题较大，后天性比较容易克服，只要医疗得法，还是有机会再先生机。
1、性功能障碍包括阳痿、早泄、遗精、不射精等，不射精症占男性不育原因的35%。
以内科疾病为例，如糖尿病及有些神经系统的疾病，会引起性无能，也会造成精子产量减少。肺结核引起的副睾丸炎和前列腺炎，都会使精子的输送发生问题，如果患者常罹患慢性鼻窦炎、慢性支气管炎及细支气管扩张症，这些症状有时和精虫无力症或组织囊状纤维化症（造成双侧输精管缺损）有关。青春期后的腮腺炎有时会引起睾丸炎，使睾丸失去制精能力。
长期大量服用烟酒会造成精液品质下降。吸食大麻、海洛因也会影响男性生育力。最近六个月有无发烧超过38.5℃，如果发烧超过38.5 ℃，会抑制精子的制造达六个月之久，并且发烧也会破坏精子DNA。
2、精液质量异常，包括少精症、无精症、死精症、弱精症、多精症、精量过少及精液不液化等。少精症占男性不育原因的15.4%。
一些治疗癌症的化学药物会对生育能力造成影响；放射线治疗会对生育功能造成不可恢复性的伤害，对于这些病人事先将精虫冷冻起来以备日后之需。
3、另外，最近半年内有无为了外科手术接受全身麻醉、有无接受睾丸切片手术，这些都会暂时抑制睾丸制精能力。曾经接受前列腺切除手术、膀胱颈口因阻塞手术的病人，有时会造成逆行性射精造成无精液症。尿道口因外伤造成狭窄也会造成精液不能射出。
尿道下裂症或尿道上裂症在重建手术之后有时会造成射精困难。疝气的手术有时会造成输精管的阻塞。输精管结扎或切除手术会造成抗精虫抗体的产生，这些使得输精管再接通手术的效益打折扣。
4、反复的泌尿道感染，像前列腺的感染，会伤害到生殖器官，而影响精液的品质。性病，如梅毒、淋病、单纯性疱疹病毒及人类乳突病毒的感染，都会造成男性不育。疱疹病毒及人类乳突病毒会降低精子活动力。
5、睾丸曾经受到外力伤害，也会是造成不育的原因，这主要是因睾丸外伤造成睾丸血肿或睾丸萎缩，单侧睾丸外伤会经由抗精子抗体的产生，影响另侧睾丸所制造精子的功能。在青春期前或青春期是否曾有阴囊肿胀剧痛的经验，这表示可能是睾丸扭转，睾丸扭转超过六个小时没有紧急开刀会造成生育能力下降。
（1）生殖器官等异常①先天异常：睾丸的先天性发育异常包括无睾症、曲细精管发育不全（Klinefelter）、XYY综合征、男性假两性畸形等。Klinefelter综合征染色体核型多为47，XXY；患者乳房女性化；睾丸小而硬，曲细精管玻璃样变和纤维化，精子发生完全停止或严重减少。睾丸下降异常也是男性不育的重要原因。睾丸下降异常时曲细精管内生殖细胞的数目减少，睾丸体积缩小，重量也下降。睾丸在腹壁或腹腔内的位置越高，则曲细精管的损伤越大。双侧睾丸下降异常患者如不治疗，生育的可能性很小。②输精管梗阻：输精管、精囊先天性缺如，特征是精液量少，常不足1ml，精浆无果糖；炎症性梗阻，如双侧附睾结核；射精管梗阻较少见。手术损伤或输精管结扎等；以及前列腺炎、精囊炎均可引起精液质量明显下降。③精索静脉曲张：可导致睾丸血液淤积，有效血流量减少，生精的正常微环境遭到破坏，最终使精原细胞退化、萎缩，精子生成减少，活力减弱，畸形精子增多，严重者可无精子。④雄激素靶器官病变，分两种类型：完全性如睾丸女性化；不完全性如Reifenstein综合征。
（2）内分泌异常①主要原因是促性腺激素合成或分泌功能障碍。Kallmann综合征又称选择性促性腺功能低下型性腺功能减退症，为下丘脑GnRH脉冲式释放功能障碍，是常染色体隐性遗传病。临床特征是性成熟障碍，伴有嗅觉丧失，睾丸小、睾丸下降异常、小阴茎及尿道下裂。血清睾酮水平低，LH和FSH水平处于同年龄组正常值下限。②选择性LH缺陷症：患者血清FSH水平正常，LH和睾酮水平低下，男性化不足，乳房发育，但睾丸大小正常，精液内有少量精子，故又称“生育型”无睾综合征。③垂体瘤对LH的分泌影响最为明显，垂体瘤是高泌乳素血症的最常见原因，PRL过高可导致患者性欲减退、勃起功能障碍、乳房发育溢乳以及生精功能障碍。④肾上腺皮质增生症中常与不育相关的是21-羟化酶缺陷，皮质激素合成减少，引起ACTH增加，肾上腺皮质受到ACTH的过度刺激而合成大量睾酮，后者抑制垂体促性腺激素的分泌，从而导致不育。
（3）性功能障碍包括性欲减退、勃起功能障碍、早泄、不射精和逆行射精等，精液不能正常射入阴道。
（4）免疫因素分为两类，由男性产生的抗精子自身免疫和由女性产生的抗精子同种免疫。精子与免疫系统由于血睾屏障的作用而隔离，故无论对男性或女性，精子抗原为外来抗原，具有很强的抗原性。血睾屏障及精浆内免疫抑制因子等因素共同建立了一套完整的免疫耐受机制，当发生睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎，或行输精管结扎等手术后，上述免疫耐受机制被破坏，即可能发生抗精子免疫反应。
（5）感染因素腮腺炎病毒可引起睾丸炎，严重者可引起永久性曲细精管破坏和萎缩而发生睾丸功能衰竭；梅毒螺旋体也可以引起睾丸炎和附睾炎；淋病、结核、丝虫病可引起输精管梗阻；精液慢性细菌感染，或支原体、衣原体感染可使精液中白细胞计数增多，精液质量降低，未成熟精子增加。
（6）理化因素与环境污染生精上皮为快速分裂细胞，故易受理化因素损害。①热、放射线和有毒物质均可使生精上皮脱落，或影响间质细胞和支持细胞功能，妨碍生精过程。生精上皮对放射线敏感。环磷酰胺、氮芥等化疗药物直接损害生精上皮和间质细胞功能。②某些环境毒素与天然激素有类似的作用或结构，例如多氯联苯（PCB）、四氯联苯（TCDD）、二氯二苯双氯乙烷（DDT）、己烯雌酚（DES）等。这些毒素通过污染空气、水和食物链而影响人类健康，包括男性精子的数量和质量持续下降。
（7）药物手术史鸦片类药物，抗癌药物，化疗及抗高血压药物等可直接或间接影响精子生成。既往盆腔手术史、膀胱、前列腺手术史有可能引起射精功能减退；疝修补术或睾丸固定术有可能影响精索或睾丸供血。
（8）不明原因的不育男性不育中约31.6%的患者经过目前常用的检查方法仍不能查出确切病因。
