疱疹性咽峡炎的症状起病急骤，高热、咽痛、烦躁不安、流涎、厌食、全身不适，于婴儿常发生呕吐和惊厥。发病两天内患儿口腔黏膜出现少数灰白色疱疹，周围绕以红晕，多见于扁桃体前部，但也可位于软腭、扁桃体、悬雍垂、舌部等，接下来两三天内水泡破溃变为浅溃疡。
疱疹性咽峡炎的临床症状差别较大，轻的仅有1-2天的轻中度发热;重的起病急，表现为骤起高热，体温可达39℃-40℃，约2-5天后体温下降，体温过高时甚至发生高热惊厥，患儿烦躁哭闹，部分还带有呕吐和腹泻。
婴儿患疱疹性咽峡炎时，比较典型的症状是口水明显增多，拒绝喝水吃东西，这是因为咽颊疱疹溃疡后造成咽部疼痛。年长的孩童常会自诉咽喉痛。
疱疹性咽峡炎和手足口病都是肠道病毒感染，初期症状相似，两者一般都伴有发热，均在口腔内看到疱疹、溃疡。那疱疹性咽峡炎和手足口病怎么区别？
疱疹性咽峡炎和手足口病的最大区别是疱疹性咽峡炎的疱疹仅仅出现在口腔内，而患手足口病的大多数孩子先是嗓子里有疱疹，后发展到手脚心，少见于长在手脚背，并伴有发烧。出的疹子一般如小米粒或绿豆大小，周围有发红的灰白色小疱疹或红色丘疹，不痛、不痒、不结痂。
另一个重要区别就是，疱疹性咽峡炎病情轻些，感染性没那么强，几乎不会出现重症、发生生命危险。手足口病的少数患儿则可引起心肌炎、脑炎等并发症，个别重症患儿如果病情发展快，会导致死亡。
